Ondarroako institutua 1967/68 ikasturtean sortu zen “Instituto Nacional de Enseñanza Media de Ondarroa, Sección Delegada del Instituto Nacional de Enseñanza Media de Guernica” izenarekin. 1971/72 ikasturtean bere izaera propioa lortu zuen. 1977/78 ikasturtean euskara irakasgaia ematen hasi ginen lehen aldiz institutuan. Hurrengo ikasturtean D ereduko talde bat sortu zen eta lehenengo ikasleak hasi ziren beraien ikasketak euskaraz jasotzen. 1996/97 ikasturtean, institutuak Zaldupe Eskola Publikotik 12-14 urte bitarteko ikasleak hartu zituen eta, horrela, DBH1 eta  DBH2ko mailak sortu ziren.

1997/98 ikasturtean, Hezkuntza Sailak Ondarroako Institutuaren eta Lekeitioko Institutuaren arteko fusioa sustatu zuen, eta ordutik aurrera “Ondarroa-Lekeitio Institutua” izena hartu zuen. Ikastetxeko Organo kudeatzailea eta irakaskuntza jarduerak bat eginda zeuden. 10 urteko ibilbide bateratuaren ondoren, 2008an bi ikastetxeak banatzea erabaki zen, eta 2008-2009 ikasturtean institutu bakoitzak bere bideari ekin zion.

Gaur  egun,  Ondarroa BHI bi eraikinek osatzen dute eta honako ikasketak eskaintzen ditugu: DBH, Batxilergoa, Aniztasun Curricularra, Gela egonkorra, “Erizaintza Zainketa Osagarriak” Erdi mailako zikloa, “Haur Hezkuntza” eta “Gizarteratzea” Goi mailako zikloak eta “Pertsonei etxean arreta soziosanitarioa ematea” eta “Mendeko pertsonei gizarte-erakundeetan arreta soziosanitarioa ematea” profesionaltasun ziurtagiriak.